Yu☆Gi☆Oh! Arc-V-ը կենտրոնանում է Յուույա Սակակիի շուրջ, որը հայտնի է որպես «Ֆանտոմ» հայտնի ժամանցային մենամարտեր իր երեք այլ անհատականությունների՝ Յուուտոյի, Յուուգոյի և Յուուրիի շուրջ: Նրան հետապնդել է Leo Corporation-ը զանգվածային համակարգով իրենց Solid Vision-ը կոտրելու համար և օգտագործել այն իր նպատակների համար:
Փախուստի ժամանակ նա հանդիպում է Յուձու Հիրագիին՝ Սյու Զո Դուել դպրոցի տնօրենի դստերը, որը սնանկության եզրին էր և խաբեց Յուուային պայմանագիր կնքել՝ իր դպրոցում ուսուցիչ դառնալու համար: Այնուամենայնիվ, նախքան Յուույան կսովորեցներ դպրոցում, նա նախ պետք է գտնի մի բացիկ, որը կոչվում է Genesis Omega Dragon, որտեղ ասվում էր, որ կորոշի աշխարհի ճակատագիրը, որը նույնպես կապված է նրա ցրված հիշողությունների հետ:
Պատմությունը տեղի է ունենում Մայամի քաղաքի այլընտրանքային տարբերակում, որտեղ Leo Corporation-ը, որը ղեկավարում է նրա նախագահ Ռեյջի Ակաբան, գերիշխում է Solid Vision համակարգի մեծ մասում ամբողջ քաղաքում: Ընկերության Solid Vision-ի զանգվածային տարածումը ոչ միայն ծնեց «Գործողությունների մենամարտեր», այլ նաև օգնեց քաղաքի բարելավմանը կյանքեր փրկելու և աղետի դեպքում վնասները վերականգնելու գործում՝ դառնալով կենսական նշանակություն:
