Եղբայրները կատարում են մարդու փոխակերպման արգելված ալքիմիական տեխնիկան՝ փորձելով հարություն տալ նրան, երբ Տրիշան մահանում է ժանտախտից: Արդյունքում փոխակերպումը հակադարձում է, և իրավահավասարության դեպքում ձախ ոտքը և Ալֆոնսի Էդվարդի ողջ մարմինը փչանում են: Էդվարդը կորցնում է իր աջ ձեռքը՝ Ալֆոնսի հոգին փրկելու համար՝ կապելով այն արյան կնիք ունենալով զրահի մեջ։ Ռոյ Մուստանգը հրավիրում է Էդվարդին դառնալ Ալֆոնսի մարմինը վերականգնելու մեթոդ, որը պետք է հետազոտվի պետական ալքիմիկոսի կողմից: Էդվարդը հաղթում է՝ դառնալով իր պրոթեզային վերջույթների անունը՝ Fullmetal Alchemist:
Երեք տարի անց Էլրիկները փնտրում են լեգենդար Փիլիսոփայական քարը՝ իրենց նպատակներն իրականացնելու համար: Մարկոն ուղարկում է իր գրառումները, որպեսզի գտնեն նրանց մոտ, սակայն նրանք սովորում են, որ քարը իրականում պատրաստելու հիմնական գործոնը մարդկային զոհաբերություններն են: Մուստանգի ընկերը՝ Մեյս Հյուզը, շարունակում է նրանց հետազոտությունները, բայց սպանվում է քողարկված նախանձով՝ Հոմունկուլիի ռազմավարությունները գտնելու համար:
Տեսնելով Իզումիի հետ՝ Էլրիկները իմանում են, որ մարդկային փոխակերպումն իրականացվել է նրա կողմից իր մահացած երեխայի վրա: Խարդախ հոմունկուլուս Ագահությունը բռնում է Ալֆոնսին, սակայն նրան փրկում է Ամեստրիսի նախագահ Քինգ Բրեդլին, որին ցույց է տալիս, որ նա գործում է որպես հոմունկուլուս ցասում: Այդպիսով, ագահությունը հալվում և նորից ներծծվում է Հոմունկուլիի սկզբնավորող հոր կողմից: Ուինրին և Էլրիկները վերադառնում են Կենտրոնական Սիթի, որպեսզի գնան Հյուզի հետ, բայց իմանան նրա մահվան մասին: Լեյտենանտ Մարիա Ռոսին մեղադրում են Հյուզի սպանության համար, բայց ըստ երևույթին սպանվում է Մուստանգի կողմից: Այդուհանդերձ, Էդվարդն իմանում է, որ Ռոսի հեռանալը բեմադրված է եղել, որպեսզի Մուստանգը նրան մաքսանենգ ճանապարհով տեղափոխի Միացյալ Նահանգներից Սինգ՝ օգնելով Քսինեզի արքայազն Լինգ Յաոյին: Հոհենհեյմը վերամիավորվում է Էդվարդի հետ, բայց արհամարհում է նրան բնակության վայրում իր երկար բացակայության համար:
Երբ պատմվածքը առաջ է գնում, հերոսները բազմիցս հանդիպում են Հոմունկուլիներին: Մուստանգը սպանում է կիրքը; Mustang-ը և Ling-ը գրավում են շատակերությունը, սակայն նա ի վերջո սպառում է նախանձը իր զրոյական, իսկ Էդվարդը՝ Լինգի նման փորը: Շատակերությունը Ալֆոնսին տանում է Հոր հետ հանդիպելու, բայց Լինգը վերածվում է հոմանկուլուսի, մասնավորապես, Ագահության նորագույն ավատարի, երբ մյուսները փախչում են որկրամոլության փորից: Էլրիկները ազատ են արձակվում՝ շարունակելու իրենց հետապնդումը, պայմանով, որ հայրը նրանց դեմ չլինի:
Բրիգսի տակ ստորգետնյա թունել գտնելով՝ գեներալ Օլիվյե Արմսթրոնգը գտնում է, որ Հայրը և Էլրիկները ստեղծում են ազգային փոխակերպման խումբ և մտադիր է տալ իր քաղաքացիներին, որպեսզի նա կարողանա բարձրանալ դեպի աստվածություն: Ագահությունը վերականգնվում է, դավաճանում է Հոր և նրա նախկին «ես»-ի հիշողություններին՝ միավորվելով հետո, և Էդվարդի՝ Քիմբլի Հոհենհեյմի քիմերային մինիոնների հետ: Հոհենհայմը առանձին-առանձին բացահայտում է իր որդիներին, որ ինքը մահկանացու չէ, որը հայրը չորս հարյուր տարի առաջ վերածել է կենդանի Փիլիսոփայական քարի:
Ժամանում է Խոստման օրը, և Հայրը պատրաստվում է սկսել իր ռազմավարությունը՝ ունենալով խավարում, և նրանք, ովքեր փորձեցին մարդկային փոխակերպումը՝ որպես իր զոհաբերություններ, որոնք էական են: Տարբեր հերոսները հակասում են Հոր կամակատարների հետ, ընդ որում բոլոր Հոմունկուլիները սպառվում են: Հետևելով հարկադրված Mustang-ին, ինչպես նաև Elrics-ին, Իզումին, Հոհենհայմը հավաքվում են, քանի որ հայրը ակտիվացնում է ազգային փոխակերպումը: Այնուամենայնիվ, Սկարը և Հոհենհայմը ակտիվացնում են ամեստրիացիներին, որպեսզի փրկվեն հակաքայլերով: Ագահությունը կործանվում է Հայրիկի կողմից, թեև հայրիկը կանգնած է գետնից վեր, որտեղ հերոսները կռվում են նրա հետ՝ իր փիլիսոփայական քարը մաշելու համար:
Ալֆոնսը, ում զրահը միայն փչացել է Հոր դեմ վերջին բախման ժամանակ, տալիս է իր ոգին վերականգնելու աջ թեւը, որն իր հերթին ավերում է Հայրական քարը՝ նրան հետ ուղարկելով Էդվարդի ճշմարտության եթերային դարպասը: Էդվարդը կորցնում է իր ուժը՝ ալքիմիա անելու՝ հոգին և Ալֆոնսի մարմինը վերականգնելու համար։ Հոհենհայմը տեսնում է գերեզմանը, որտեղ նա մահանում է Տրիշայի քմծիծաղով:
